TOP FLY fue en 2003, año del Primer Centenario de la Aviación, la primera FTO española en obtener la certificación de calidad ISO 9001:2000 que otorga la sociedad de certificación AENOR, registrándose con el número ES-0638/2003.
Desde entonces Top Fly ha mantenido los estándares de calidad y excelencia que la han posicionado entre las mejores escuelas de formación de pilotos y TCP’s a nivel mundial.